Mamy wroga!
Pojawiają się żołnierze amerykańskiej armii. Jednak tragedia - okazuje się, że przysłani zostali po to, by całkowicie wyciszyć tajną bazę, czyli krótko mówiąc, pozabijać biegające pozaziemskie stwory, a także i naukowców. Całkowite wyniszczenie, zatuszowanie, wyciszenie. Jest ciężko, zza każdego rogu może wyskoczyć komandos lub obcy i żadne z nich nie będzie chętne współpracować. Pojawia się jednak nadzieja - część naukowców, którzy ocaleli na drugim końcu Black Mesy, pracuje nad całkowitym zamknięciem bramy do innego świata. Nie ma wyjścia - by chociaż spróbować wyjść z tego cało, musi udać się w tamtym kierunku. Przed nim długa walka z żołnierzami i istotami z innego świata. Udaje mu się przedostać do pomieszczenia, w którym prowadzone są badania nad silnikami rakietowymi. Po trudnym uruchomieniu silnika udaje mu się zabić trzy ogromne stwory, który wyrosły z komory za pomocą wylanego na nie i zapalonego paliwa. Gordon wskakuje w czarną otchłań komory.